1. При выборе между that и отсутствием относительного местоимения, когда оно является подлежащим или дополнением в придаточном предложении, более предпочтительным является использование that, особенно в формальном английском.
В данном случае, относительное местоимение относится к «three languages» и выполняет роль подлежащего в придаточном предложении.
Следовательно, правильный вариант:
At work, my dad uses three languages that he learnt at school.
Ответ: that