Was the lake near the village deep? - Yes, it was.
Объяснение: Здесь речь идет о конкретном озере, поэтому используется определенный артикль (подразумевается). Вопрос должен начинаться с 'Was the lake'. В ответе, поскольку речь идет об озере, нужно использовать 'it was'.