1) Поезд пр..был в пять утра. Саша пр..бывает в Москве с пяти утра.

В слове «прибыл» приставка при- указывает на приближение, прибытие. В слове «пребывает» значение — «находится, живёт».

Поезд прибыл в пять утра. Саша пребывает в Москве с пяти утра.