Царствование Фёдора Ивановича (1584-1598 гг.) ознаменовалось фактическим переходом власти к Борису Годунову, шурину царя. Фёдор Иванович, отличавшийся слабохарактерностью и отсутствием интереса к государственным делам, фактически самоустранился от управления. Борис Годунов стал реальным правителем, проводя самостоятельную политику.
Ключевым событием этого периода стало учреждение патриаршества в Русской православной церкви в 1589 году. Первым русским патриархом стал Иов. Это событие повысило статус Русской церкви и способствовало укреплению ее самостоятельности, а также укрепило авторитет царской власти.
Под управлением Бориса Годунова были предприняты попытки укрепить экономику и границы государства, хотя страна продолжала испытывать трудности, унаследованные от предыдущего правления.