1. Тысячи чаек носились над монастырскими стенами, кричали, падали отвесно в воду. (Ю. Герман)

Выписываем словосочетания с подчинительной связью; грамматическая основа «тысячи чаек носились» словосочетанием не является.

1. тысячи чаек — управление: зависимое существительное стоит в родительном падеже;
2. носились над стенами — управление: глагол с предлогом требует существительного в определённом падеже;
3. монастырскими стенами — согласование: прилагательное согласуется с существительным;
4. кричали над стенами — управление;
5. падали в воду — управление;
6. падали отвесно — примыкание: неизменяемое наречие связано с глаголом по смыслу.

Слово «кричали» относится к той же основе, что и «носились», поэтому сочетание «кричали над стенами» здесь не выделяется: обстоятельство «над монастырскими стенами» относится к сказуемому «носились».