| Покровы тела | Перьевой покров, кожа сухая, без желез (кроме копчиковой). | Роговая чешуя, кожа сухая, железы отсутствуют. |
| Конечности | Передние конечности видоизменены в крылья (у большинства). Задние конечности пятипалые (у большинства). | Четыре конечности (у большинства), пятипалые, расположены по бокам тела. |
| Скелет | Кости легкие, полые внутри. Хорошо развит киль грудины для прикрепления летательных мышц. Вилочка. | Кости массивные, не полые. Киль грудины отсутствует. |
| Дыхательная система | Очень развита, есть воздушные мешки, которые пронизывают тело и помогают облегчить скелет, а также обеспечивают двойное дыхание. | Лёгкие имеют губчатое строение, дыхание менее эффективное. |
| Пищеварительная система | Есть зоб, желудок состоит из двух отделов (железистый и мускульный). | Зоб отсутствует. Желудок однокамерный. |
| Кровеносная система | Сердце четырехкамерное, кровообращение двойное, замкнутое, полное. Температура тела постоянная (теплокровность). | Сердце трехкамерное (у крокодилов четырехкамерное), есть частичная перегородка в желудочке. Кровообращение двойное, но неполное. Температура тела непостоянная (холоднокровность). |
| Выделительная система | Почки тазовые, мочеточники открываются в клоаку. Мочевого пузыря нет. | Почки тазовые, мочеточники открываются в клоаку. Есть мочевой пузырь (у большинства). |
| Нервная система | Большие полушария переднего мозга, развит мозжечок. | Полушария переднего мозга относительно малы, развит мозжечок. |
| Размножение | Самка откладывает яйца, покрытые скорлупой. Забота о потомстве. | Самка откладывает яйца, покрытые кожистой или известковой оболочкой. У некоторых живорождение. Нет выраженной заботы о потомстве. |