1) В атмосфере Юпитера была обнаружена вода, можно ли по молекулам установить, что вода попала на Юпитер вместе с упавшей кометой?

Ответ: нет.

Молекулы воды имеют одинаковый состав и строение независимо от того, откуда они появились. По самим молекулам обычной воды нельзя установить, попала ли она на Юпитер с кометой.