Ответ:

  1. К осени медведи накопили толстый слой жира. В этом значении существительное обычно употребляется в родительном падеже: слой чего? — жира.

  2. Учитель отметил всех, кто присутствует в классе. Слово «кто» требует сказуемого в единственном числе.

  3. Петя стал лучшим спортсменом. Слово «более» не сочетается с превосходной степенью «лучшим».