Выбор орфограмм в приставках и в корнях слов связан с разделом науки о языке, который называется морфемика. Морфемика изучает строение слова, его составные части (морфемы): приставки, корни, суффиксы, окончания.
Знание морфем помогает правильно писать слова, так как орфографические правила часто зависят от того, к какой морфеме относится буква (например, правописание приставок на -з/-с или проверяемые/непроверяемые гласные в корне).