Too many означает «слишком много», а not enough — «недостаточно». В данном контексте, если речь идет о вреде для здоровья, то, вероятно, овощей едят недостаточно, если же это просто констатация факта, то может быть и «слишком много», но обычно говорят о недостатке овощей.
not enough