Ответ:

В первом предложении слово «часы» обозначает единицы времени, во втором — приборы для измерения времени.

Слово «бегут» употреблено в переносном значении: минуты и часы не могут передвигаться, как люди или животные; так говорят о быстром ходе времени.

Предложение с прямым значением: Мальчики бегут по дорожке.