Ответ:

Перевод задания: Выберите грамматически правильный вариант.

Правильный вариант: By the time Simone arrived, the police had already left. Здесь нужны две грамматические основы; действие, завершившееся до приезда Симоны, выражается Past Perfect: had left. Форма having already left не образует сказуемое главного предложения.

Перевод: К тому времени, как Симона приехала, полиция уже ушла.