Ответ:

Пугачёв решил помочь Марье Ивановне, когда узнал, что Швабрин держит её взаперти и принуждает выйти за него замуж. Он увидел в ней беззащитную сироту, которую обижает человек, злоупотребляющий своей властью. Пугачёва возмутили поступки Швабрина, и он освободил девушку.

Его решение связано и с расположением к Гринёву: Пугачёв помнит, что тот обращался с ним по-доброму и не стал отрекаться от своих убеждений. Пугачёв проявляет милосердие и соглашается помочь влюблённым.

Ответ: Пугачёв помиловал и освободил Марью Ивановну, потому что пожалел беззащитную сироту, возмутился принуждением со стороны Швабрина и был благодарен Гринёву.