Ответ:

О небольшой глубине у берегов можно догадаться по светлой окраске воды, просвечивающему дну, подводным камням или растительности и постепенному переходу цвета воды от светлого у берега к более тёмному вдали.

Ответ: по светлой, прозрачной воде и просвечивающему дну.