Ответ:

Конфликт возник из-за стремления Ивана IV подчинить церковь своей политике и из-за несогласия духовенства с опричными расправами. Высшие церковные деятели выступали против произвола и могли заступаться за преследуемых. Особенно острым стало противостояние царя с митрополитом Филиппом, который осуждал жестокости опричнины. Иван IV добился его низложения; позднее Филипп был убит по приказу, связанному с царской властью.

Ответ: спор шёл о пределах царской власти и праве церкви осуждать опричный террор и защищать его жертв.