2. Ветер качал ветви берёз а дождь стучал по крышам.

Грамматические основы: «ветер качал» и «дождь стучал». Это две части сложного предложения, соединённые противительным союзом «а», поэтому перед союзом ставится запятая. Однородных членов в предложении нет.

Ветер качал ветви берёз, а дождь стучал по крышам.