Здесь нужно использовать вспомогательный глагол 'do' или 'does' в Present Simple для образования вопроса, а затем основной глагол 'mean' в инфинитиве. Так как подлежащее 'you' (ты/вы), используется 'do'.
2. What do you mean?
2. Что ты/вы имеешь в виду?