Нет, противоречия нет. Разные модели описывают разные аспекты или явления, и их существование не исключает друг друга. Например, протонно-нейтронная модель ядра хорошо описывает его состав, а капельная модель — его свойства при делении. Физика использует множество моделей для полного описания сложных систем.