Ответ:

3.3.1. По описанию это федеральный орган исполнительной власти в сфере юстиции — Министерство юстиции Российской Федерации.

3.3.2. Единая централизованная система с указанными надзорными полномочиями — прокуратура Российской Федерации.

Ответ: 3.3.1 — Министерство юстиции РФ; 3.3.2 — прокуратура РФ.