3. Are there boxes with toys under the bed?

• Ответ: Yes, there are. I have got many toys.

Обоснование: Вопрос касается наличия коробок с игрушками под кроватью. Ответ "Yes, there are. I have got many toys." подтверждает наличие чего-то (игрушек, подразумевая их в коробках) и уточняет, что их много. Это прямое соответствие вопросу.