В этом предложении используется конструкция 'By the time...', которая указывает на то, что одно действие завершилось к моменту другого действия в прошлом. Для обозначения действия, которое завершилось раньше, используется Past Perfect. Поэтому, правильный вариант - 'had sailed'.
Ответ: A had sailed