Ответ:

В отрывке приводится этимологическое объяснение Н. Шанского: слово «синий» связывается с той же древней основой, что и «сиять», а его первоначальное значение передаётся как «блестящий, сияющий». Это объяснение следует представлять именно как версию, приведённую автором: этимология слова не является бесспорной.

Сочетание «основа си-» также относится к этимологическому разбору, а не к обычному современному морфемному разбору слова «сиять».