3. The pupils ___ at the school now.

Краткое пояснение: Определяем, является ли подлежащее единственным или множественным числом. 'The pupils' — множественное число, поэтому используем 'were'. Присутствие слова 'now' может указывать на Present Continuous, но в контексте упражнения на Past Simple, 'were' является наиболее подходящим вариантом для описания состояния в прошлом, если бы это было в прошедшем времени. Однако, если 'now' относится к настоящему моменту, то это Present Simple и было бы 'are'. Исходя из контекста упражнения (was/were), предполагается прошедшее время. Если предположить, что 'now' опечатка и имелось в виду прошедшее время, то 'were'. Если 'now' верно, то это Present Simple и нужно 'are'. Так как в задании используется 'was'/'were', склоняемся к прошедшему времени.