3. ….. Tom got a pen in his school bag? Yes, he ….. .

Перевод задания: Заполните пропуски.

Has Tom got a pen in his school bag? (У Тома есть ручка в школьном рюкзаке?)

Yes, he has. (Да, есть.)

Tom заменяется местоимением he, поэтому используется has.