Краткое пояснение: Для образования Present Perfect с 'already' используется конструкция 'have/has already + Past Participle'.
Решение:
Определяем подлежащее: 'Tom' (он). Значит, используем вспомогательный глагол 'has'. Далее идет наречие 'already'. Затем ставим смысловой глагол 'go' в форму Past Participle, которая является 'gone'.