3. В 1848 году для исследования снежных обвалов на Арарате была снаряжена турецкая экспедиция (1) обнаружившая торчащий из ледника (2) гигантский каркас из почти чёрного дерева (3) о котором обитатели (4) лежащих у подножия гор (5) поселений давно знали (6) но не смели к нему приблизиться (7) потому что (8) по их словам (9) в верхнем окне его часто появляется грозный дух.

Причастный оборот после определяемого слова отделяется запятой; перед придаточными частями ставится запятая. Вводное сочетание «по их словам» выделяется запятыми.

В 1848 году для исследования снежных обвалов на Арарате была снаряжена турецкая экспедиция, обнаружившая торчащий из ледника гигантский каркас из почти чёрного дерева, о котором обитатели лежащих у подножия гор поселений давно знали, но не смели к нему приблизиться, потому что, по их словам, в верхнем окне его часто появляется грозный дух.