Прямая речь "We've lived here for a long time" (Настоящее совершенное время) при переходе в косвенную речь трансформируется во времена группы Past. Так как глагол 'said' стоит в прошедшем времени, то Present Perfect ('have lived') переходит в Past Perfect ('had lived'). Местоимение 'we' меняется на 'they', а 'here' на 'there'.
Следовательно, правильный вариант: "He said they had lived there for a long time."
Ответ: He said they had lived there for a long time.