3. \"What time Tom (come) yesterday?\" \"He (come) while I (have) breakfast.\"

В первом предложении используется Past Simple, так как спрашивается о конкретном времени события в прошлом (Tom's arrival). Во втором предложении, 'he came' описывает действие, которое произошло в определенный момент, а 'while I was having breakfast' описывает продолжительное фоновое действие, которое было прервано или происходило одновременно с другим событием. Поэтому для 'have' используется Past Continuous.

3. \"What time Tom came yesterday?\" \"He came while I was having breakfast.\"