Продуктивность естественных и искусственных биоценозов может сильно различаться на одной и той же территории. Естественные экосистемы, как правило, обладают более высоким биологическим разнообразием, сложными трофическими сетями и устойчивостью к изменениям. Они развиваются самостоятельно и обычно адаптированы к местным условиям. Продуктивность в них может быть ниже в расчете на единицу площади, но она является устойчивой и саморегулируемой. Искусственные биоценозы, например, агроэкосистемы, ориентированы на максимальную продуктивность определённых видов растений или животных, что достигается благодаря искусственному отбору, удобрению и защите от вредителей. Они обладают высокой продуктивностью по конкретному виду в краткосрочной перспективе. Однако такие экосистемы менее устойчивы, зависят от внешнего вмешательства, и могут нести негативные экологические последствия, такие как истощение почвы и загрязнение воды. При этом, важно отметить, что естественные экосистемы создают более стабильную среду, и сбалансированны, а искусственные - в основном предназначены для получения ресурсов в кратчайшие сроки. Поэтому в краткосрочной перспективе искусственные биоценозы могут быть более продуктивными, в долгосрочной перспективе - естественные.