Ответ:

Используйте два разных условных знака и помните, что состав союзов менялся в ходе войны.

Протестантский лагерь: протестантские княжества и города Священной Римской империи; Дания; Швеция; позднее — Франция, вступившая в войну против Габсбургов, хотя сама была католической.

Католический лагерь: владения австрийских Габсбургов и католические княжества Священной Римской империи, включая Баварию и Католическую лигу; Испания. Католическая Франция в поздний период выступала на стороне противников Габсбургов, поэтому её следует обозначить отдельно или сопроводить пояснением.

В условных обозначениях укажите, что цвета показывают основные стороны конфликта, а не неизменную принадлежность каждого участника на протяжении всей войны.