Ответ:

Вода — сложное вещество, состоящее из молекул H₂O. Поэтому говорят «молекула воды», а не «атомы воды»: атомы являются составными частями молекулы.

Воздух — смесь разных газов, а не одно чистое вещество. У него нет единой «молекулы воздуха»: воздух состоит из молекул азота, кислорода и других газов.

Ответ: правильно говорить «молекула воды» и «молекулы газов, входящих в состав воздуха».