Ответ:

Вставим пропущенные буквы, учитывая значение слов и правила орфографии:

В лесу стояла та особенная тишина, которая бывает только осенью. Неподвижно висели мохнатые ветви, не качалась ни одна вершина, не слышалось ничьих шагов. Лес стоял молча, прислушиваясь к собственной вековой думе.

В слове «бывает» пишется безударная личная гласная глагола I спряжения; в слове «думе» — окончание предложного падежа существительного. В остальных пропусках пишется не Е.

Ответ: 3, 9.