Основное отличие древних клеток зелёных водорослей от клеток цианобактерий заключается в наличии у водорослей оформленного ядра (они относятся к эукариотам), в то время как цианобактерии являются прокариотами и не имеют обособленного ядра, а их генетический материал находится непосредственно в цитоплазме.