Ответ:

Грамматические основы: «небо потускнело» и «дождь пошёл».

«Затянутое тучами» — причастный оборот, стоящий после определяемого слова «небо», поэтому он выделяется запятыми с двух сторон. Запятая перед союзом «и» разделяет части сложного предложения.

Ответ: в предложении три запятые: две выделяют причастный оборот, третья разделяет части сложного предложения.