Ответ:

  1. Секретные файлы — согласование: зависимое слово «секретные» согласуется с главным «файлы» в роде, числе и падеже.

  2. Преодолеть препятствие — управление: главное слово «преодолеть» требует от зависимого слова «препятствие» формы винительного падежа.

  3. Бесстрашно бежали — примыкание: зависимое наречие «бесстрашно» неизменяемо и связано с глаголом по смыслу.

Ответ: согласование; управление; примыкание.