Ответ:

«Тихо, темно» — однородные сказуемые без союза, поэтому на месте (1) ставится запятая. На месте (2) запятая разделяет части сложного предложения перед союзом «и». В сочетании «в вершинах кое-где» запятая не нужна; «дрожал и переливался» — однородные сказуемые, поэтому на месте (4) запятая не ставится. Определения «длинную липовую» не являются однородными, запятая на месте (5) не нужна. На месте (6) запятая разделяет части сложного предложения. Сочетание «старом фруктовом саду» не требует запятой. «Должно быть» — вводное сочетание, поэтому оно выделяется запятыми на местах (8) и (9).

Ответ: 1, 2, 6, 8, 9.