Ответ:

Николенька называет эти чувства «тёмными пятнами», потому что из-за любви к Серёже и желания заслужить его одобрение он участвовал в жестоких проделках против Илюшеньки. Вспоминая об этом, он понимает, что поступал несправедливо и причинял другому человеку боль, поэтому испытывает стыд и сожаление.