6. ПУНКТУАЦИОННЫЕ ПРАВИЛА А) Между однородными членами предложения перед второй частью двойного союза ставится запятая. Б) Обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом, обособляется. В) Обстоятельство, выраженное сравнительным оборотом, обособляется. ПРЕДЛОЖЕНИЯ 1) Мы плыли на лодке по тёмной, как чернила, реке, петляющей между мрачными скалами. 2) Н.М. Пржевальский, известный географ и натуралист, путешествовал не только по Дальнему Востоку, но и по Центральной Азии. 3) Звёзды дрожали в тёмно-синей глубине неба, как дрожат капли росы утром на траве, окутанной туманом. 4) Оставшись один, Алексей ходил по комнате, браня себя вполголоса за невнимательное отношение к сестре. 5) Кусака долго металась по следам уехавших людей, добежала до станции и, промокшая, грязная, вернулась обратно.

Объяснение к правилам:

• Правило А (Между однородными членами предложения перед второй частью двойного союза ставится запятая): Это правило применяется, когда союз состоит из двух частей, например, «не только..., но и...». Запятая ставится перед второй частью союза.
• Правило Б (Обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом, обособляется): Деепричастный оборот (действие, выраженное деепричастием с зависимыми словами) всегда выделяется запятыми, так как он является обстоятельством.
• Правило В (Обстоятельство, выраженное сравнительным оборотом, обособляется): Сравнительные обороты, которые обычно присоединяются союзами «как», «словно», «будто» и т.п., обособляются (выделяются запятыми), если они являются обстоятельством.

Разбор предложений:

1. Мы плыли на лодке по тёмной, как чернила, реке, петляющей между мрачными скалами.

   Здесь есть сравнительный оборот «как чернила», который относится к слову «тёмной» и характеризует степень этой темноты. Он обособляется по правилу В.

2. Н.М. Пржевальский, известный географ и натуралист, путешествовал не только по Дальнему Востоку, но и по Центральной Азии.

   Здесь мы видим двойной союз «не только..., но и...». Запятая перед «но и» ставится по правилу А.

3. Звёзды дрожали в тёмно-синей глубине неба, как дрожат капли росы утром на траве, окутанной туманом.

   В этом предложении два оборота. Первый, «как дрожат капли росы утром на траве», является сравнительным оборотом и обособляется по правилу В. Второй, «окутанной туманом», является причастным оборотом и обособляется, так как стоит после определяемого слова «траве». Однако, в контексте заданных правил, основное, что можно выделить, это сравнительный оборот.

4. Оставшись один, Алексей ходил по комнате, браня себя вполголоса за невнимательное отношение к сестре.

   Здесь есть деепричастный оборот «Оставшись один» и деепричастный оборот «браня себя вполголоса за невнимательное отношение к сестре». Оба они обособляются по правилу Б.

5. Кусака долго металась по следам уехавших людей, добежала до станции и, промокшая, грязная, вернулась обратно.

   Здесь есть однородные члены предложения «промокшая, грязная», которые обособляются. Однако, если рассматривать это предложение с точки зрения заданных правил, то деепричастный оборот «промокшая, грязная» (в данном случае это прилагательные в краткой форме, выполняющие роль обособленного определения, но часто обособляются как обстоятельство образа действия) мог бы подпадать под правило, но оно не является явным деепричастием. Наиболее яркое соответствие из предложенных правил здесь отсутствует, но если выбирать из вариантов, то наиболее близким является обособление определений, хотя они не являются деепричастными или сравнительными оборотами.