Для аргументации точки зрения «В России в XVI веке официально закрепляется автокефалия православной церкви» подходит факт под номером 3. учреждение Патриаршества в Московском царстве.
Обоснование:
Учреждение Патриаршества в 1589 году означало признание независимости Русской православной церкви от Константинопольского патриарха. Это стало официальным закреплением автокефалии, то есть самоуправления церкви.
Деятельность митрополита Филиппа (1) была связана с сопротивлением опричнине и не привела к закреплению автокефалии. Стоглавый Собор (2) был посвящен вопросам церковного благочестия и дисциплины, а не изменению статуса церкви.