Основное предложение "You haven't finished the milk" является отрицательным (haven't).
Для отрицательных предложений используется утвердительный "хвостик", а вспомогательный глагол должен совпадать с вспомогательным глаголом основного предложения.
Вспомогательный глагол здесь "have" (в форме haven't), поэтому "хвостик" должен быть "have you?".