Ответ:

В первом случае «ели» — глагол: клесты ели (клевали) семена. Во втором случае «ели» — ели, хвойные деревья; в предложении слово обозначает семена ели.

Оба слова произносятся одинаково: [й’э́л’и]. Буква е в начале слова обозначает два звука — [й’] и [э]; буква л обозначает мягкий звук [л’].

ели — клесты ели семена[й’][э][л’][и]
ели — семена ели[й’][э][л’][и]

В схемах красным обозначены гласные, зелёным — мягкие согласные.