Расчет:
Общий прирост населения = Естественный прирост + Миграционный прирост.
Следовательно, Естественный прирост = Общий прирост - Миграционный прирост.
\[ Естественный прирост = 5000 - 2000 = 3000 \text{ человек} \]
Ответ: Естественный прирост населения в городе Х составил 3000 человек.