2 A: I ..... (know) Ann for three years now. B: ..... (she/study) with you for that long?

2 A: I have known Ann for three years now. B: Has she been studying with you for that long?

В первом предложении используется Present Perfect, так как действие (знакомство) началось в прошлом и продолжается до настоящего момента (уже три года). Во втором предложении используется Present Perfect Continuous, так как вопрос подразумевает длительное действие (учебу) в течение определенного периода времени (с тобой).

Ответ: have known, Has she been studying