Обоснование:
Вопрос касается прошедшего времени (yesterday), поэтому используется вспомогательный глагол 'did'. Главный глагол 'study' остается в своей базовой форме.
В ответе 'Yes, she did' мы используем 'did', чтобы подтвердить действие в прошедшем времени.