Для составления вопроса и ответа используем прошедшее время глагола 'to eat' - 'ate'. Вопрос будет начинаться с 'Did', за которым следует подлежащее и инфинитив глагола. Ответ 'Yes' требует подтверждения, поэтому используется форма 'did'.
Ответ: 1. Did Thomas eat, 2. he did.