Разберем каждое предложение:
Рукопись (1) лежавшую на столе (2) нужно было отдать на рецензирование.
В данном предложении «лежавшую на столе» является причастным оборотом, относящимся к слову «рукопись». Так как причастный оборот стоит после определяемого слова, то он выделяется запятыми с двух сторон. Значит, на месте цифр 1 и 2 должны стоять запятые.
Лежавшую на столе (3) рукопись нужно было отдать на рецензирование.
В данном предложении «лежавшую на столе» является причастным оборотом, относящимся к слову «рукопись». Так как причастный оборот стоит перед определяемым словом, то запятыми он не выделяется. Значит, на месте цифры 3 запятая не нужна.
Таким образом, запятые должны стоять только на месте цифр 1 и 2.
Ответ: 1,2