5. By the time I got to the station, the train (leave) already.

5. By the time I got to the station, the train had already left. Здесь одно действие произошло раньше другого в прошлом. Когда я пришел на станцию, поезд уже уехал. Для более раннего действия используем Past Perfect (прошедшее совершенное время). Правильная форма глагола leave в Past Perfect — had left. В данном случае, already ставится между had и left.