Сфагнум отличается от кукушкина льна строением и экологическими особенностями. У сфагнума отсутствуют ризоиды, он образует торф, а также обладает водоудерживающими клетками. Кукушкин лён имеет ризоиды, не образует торфа и встречается в более сухих местах.