Для построения предложения в Present Continuous (настоящее продолженное время), которое описывает действие, происходящее в данный момент, необходимо использовать вспомогательный глагол 'to be' в соответствующей форме и смысловой глагол с окончанием '-ing'.
Подлежащее 'he' (он) требует формы глагола 'to be' — 'is'.
Поэтому правильный вариант — Is.
Полное предложение: Is he swimming now?
Ответ: Is