Предложение построено в условном периоде второго типа (Second Conditional), который используется для описания гипотетических или маловероятных ситуаций в настоящем или будущем.
Структура второго типа: If + Past Simple, ... would + инфинитив без to.
В данном случае, 'If he had more free time' (Past Simple), значит, после 'he' должен следовать 'would' + инфинитив.
Среди предложенных вариантов, 'would run' соответствует этой структуре.
Перевод (RU)
Если бы у него было больше свободного времени, он бегал бы каждое утро.